Клуб был основан в 1967 году рабочими Навоийского горно-металлургического комбината под названием «Прогресс». Тогда команда имела статус любительского клуба.

Создание «Прогресса» произошло через 2 года после основания нового города Зарафшан, которому предстояло стать одним из крупнейших золотодобывающих центров не только Узбекской ССР, но и всего СССР.

В 1973 году, через год после присвоения Зарафшану статуса города, началось строительство стадиона для команды, вмещающего 5000 зрителей. В 1974 году строительство стадиона завершилось, и он также получил название «Прогресс»[1].

В 1974 году «Прогресс» впервые в своей истории участвовал в первенстве Бухарской области (тогда территория Навоийского вилоята входила в её состав).

В сезоне-1975 «Прогресс» занял 2-е место в первенстве Бухарской области и получил право участвовать в чемпионате Узбекской ССР среди КФК.

В дебютном для «золотоискателей» чемпионате-1976 клуб занял 11-е место из 17 команд, а полузащитник Юрий Гончаров вошёл в список 33 лучших футболистов турнира.

В последующие годы «Прогресс» выступал в различных лигах Узбекской ССР, так и не сумев выйти на уровень Второй низшей лиги чемпионата СССР.

В течение сезона-1981 клуб носил название «Зарафшан», но уже в 1982 году вернулся к первоначальному наименованию[1].

После распада СССР, начиная с сезона-1992, «Прогресс» стал участвовать в Первой лиге чемпионата Узбекистана.

В дебютном сезоне в Первой лиге «Прогресс» занял 13-е место из 16 команд. В конце 1994 года клуб был переименован в «Кызылкум» в честь крупной пустыни, которая в Средней Азии занимает большую площадь на территории Узбекистана (в том числе в Навоийском вилояте) и Казахстана.

Со 2-й половины сезона-1995 и до середины 1997 года он снова выступал под названием «Прогресс», а со 2-й половины года клуб окончательно был переименован в «Кызылкум».

Зарафшанцы выступали в Первой лиге до 1999 года, когда заняли 3-е место и получили путёвку в Высшую лигу чемпионата Узбекистана[1].

В дебютном для себя сезоне в Высшей лиге «Кызылкум» финишировал на 11-м месте (среди 20 участвовавших команд). В 2002 году он завоевал бронзовые медали, и это достижение остаётся наивысшим в истории клуба.

В настоящее время «Кызылкум» является одним из середняков Высшей лиги чемпионата Узбекистана

Xabar qoldirish